1.1用蒸餾水將制膠玻璃板和梳子沖洗干凈，并用吹風機將水分吹干，用夾子封閉玻璃板邊緣，在玻璃板支架上夾緊。
1.2根據欲分離蛋白質大小用凝膠緩沖液配制適宜濃度的凝膠；
1.3將配好的分離膠溶液迅速加入制膠板中（約6mL），距梳子下端1cm左右，并在**后加適量的飽和正丁醇；
1.4室溫下60~90分鐘后分離膠完全凝結，清除凝膠頂端殘余的飽和正丁醇；
1.5配制濃縮膠溶液，并迅速加入制膠板中（約2mL），輕輕插入梳子，保證不氣泡產生；
1.6室溫下30-60分鐘后濃縮膠完全凝結，小心拔出梳子，將凝膠板安放在電泳槽內；
1.7向電泳槽中倒入電泳緩沖液，其量以沒過膠板頂端為宜，如樣品孔內有氣泡，應設法除去；
1.8用移液槍將處理好的樣品（20mL）慢加入被浸沒的凝膠加樣孔內；
1.9接通電源，紅色為正極，黑色為負極，一般濃縮膠電壓為80V，以濃縮膠和分離膠分割線為界，分離膠電壓為120V，電泳2~3h即可；
1.10根據指示劑觀察泳動的位置，判斷是否終止電泳；
1.11電泳完畢，關上電源，在凝膠成像儀上觀察電泳帶及其位置，并與蛋白質分子量標準Marker比較樣品蛋白質大小。