1）向所需樣品添加負載染料。
2）做一個凝膠。例如，瓊脂糖凝膠是通過將瓊脂糖粉末與緩沖液混合，加熱直**粉末溶解，加入溴化乙錠，將混合物倒入凝膠盒中并放入梳子中，在凝膠冷卻后將其拉出，以制備孔。
3）確保這些孔的位置使得被分析的材料有足夠的空間運行。例如，由于DNA是陰性的并且朝向正極跑，所以這些井**好位于負極遠端。
4）在凝膠盒中加入足夠的運行緩沖液以覆蓋凝膠。
5）加載樣品（一個梯子通常也加載）。
6）將電極連接到電源。
7）運行指定的時間。
8）凝膠運行后，關閉電源，小心地取出凝膠，并使用紫外線燈箱進行分析。
凝膠
電泳儀通常用于分析用途，但也可以作為制備技術，在采用某些方法(如質譜(MS)、聚合酶鏈式反應(PCR)、克隆技術、DNA測序或者免疫印跡)檢測之前部分提純分子。
