電泳是基于不同分子具有與之相關的不同自然電荷這一事實在電場中分離生物分子的方法。這導致物質的不同成分在電場的影響下以不同的速率移動。想象一下，在一個托盤上有許多不同金屬的小塊，然后將磁鐵放在托盤的一端。基于它們的特定電荷，不同的金屬塊（相當于“分子”）將以不同的程度被吸引到磁體上。本質上，這就是電泳中發生的事情，只是最初沒有分離分子。
如今，各種電泳方法正在實踐中。
電泳工作的原因歸因于電磁物理學中的一個基本方程式：力等于電荷乘以該點處的電場強度。這采用以下形式：
F = qE
其中F =力，q =電荷，E =電場強度。
該方程式表明，粒子上的電荷越高，施加給定電場產生的力越強。這意味著質量相同但電荷不同的兩個粒子將在整個場中以不同的速率移動。另外，任何帶電分子運動的速度取決于其電荷質量比。這些特性和聯系在一起，使科學家有可能將關鍵生物分子的成分（例如核酸）分離為較小的成分。
使用了三種主要類型的凝膠電泳。利用馬鈴薯淀粉顆粒的淀粉凝膠電泳是一種遺物。在瓊脂糖凝膠電泳中，使用純化的大分子量多糖作為培養基；這通常用于大型DNA分子。聚丙烯酰胺凝膠電泳是最常見的類型，因為它非常穩定并且可以在很大的分子濃度范圍內工作。
在大多數實驗情況下，最好進行某種形式的凝膠電泳。其他常見方式包括高分辨率電泳，毛細管電泳，等電聚焦，免疫化學電泳，二維電泳和脈沖場電泳。
電泳儀與所使用的特定介質有很大的不同。在過去，邊界電泳是標準方法。在此實驗設置中，將測量遷移分子整個邊界的移動速率。如今，區域電泳越來越普遍，分子遷移到一小塊紙上的不同區域或區域。這比邊界電泳更具針對性。最后，紙電泳有時用于小分子。
