凝膠的要求是它是中性的，并且包括沒有帶電雜質。如果凝膠含有任何帶電荷的基團，則稱為電滲透的作用將發生。當這些帶電荷的基團固定在凝膠上時，它們導致溶劑流向其中一個電極，通常是陰極（負極），因此與樣品流相反。這顯然是不受歡迎的，因為這會減慢并且可能扭曲樣品的遷移，從而降低分辨率，這會降低定量準確度和精度。在極端pH條件下操作以**小化這些問題在特殊情況下是有用的，但不是蛋白質分離的一般策略。